أقيمت التصفيات بنظام المجموعات منذ بدايتها حيث وقعت مصر في المجموعة الثانية مع منتخبات ليبيريا وكينيا ومالاوي ونجح رجال المدرب محمود الجوهري في تصدر هذه المجموعة بفارق نقطتين عن ليبيريا.
المنتخب الوطني تفوق على ليبيريا بهدفي علاء ميهوب ومحمد رمضان في الجولة الأولى ثم تعادل مع مالاوي خارج الديار (1 – 1) بتوقيع لاعب المنيا هشام عبد الرسول قبل أن يتعادل سلبياً مع كينيا في نيروبي بالجولة الثالثة.
زملاء الحارس أحمد شوبير خسروا للمرة الأولى أمام ليبيريا بهدف دون رد في منروفيا بالجولة الرابعة وتأزم الموقف قبل الفوز على مالاوي بهدف هشام عبد الرسول وكينيا بهدفي عبد الرسول وإبراهيم حسن في الجولة الختامية.
في المرحلة النهائية تعادل المنتخب مع الجزائر في قسنطينة (0 – 0) بتاريخ 8 أكتوبر 1989 ثم تفوق في القاهرة بهدف حسام حسن الذي أحرزه في مرمى الحارس العربي الهادي في 17 نوفمبر 1989 وتأهل للنهائيات للمرة الثانية في تاريخه.